S’étant présenté comme indépendant aux législatives de 2000, M. Morsi fut élu au Parlement avec une large majorité. C’est l’époque où le régime Moubarak gère les Frères comme un mouvement interdit mais momentanément toléré ou réprimé. Il ne sera pas réélu en 2005. Si on l’a vu monter au créneau pour demander des comptes au gouvernement sur l’accident meurtrier de train en Haute-Égypte, en 2002 (360 personnes périssent dans les flammes), il est aussi connu pour des combats plus populistes: campagne contre la candidature de Miss Égypte, contre les femmes dénudées dans les magazines et l’obscénité des vidéoclips. Il est aussi un des fondateurs de la Commission égyptienne contre le sionisme. À l’intérieur de la confrérie, il gravit les échelons à l’ombre de son mentor, Khairat El- Shater, jusqu’à atteindre le bureau de la guidance. En 2006, il est condamné à sept mois de prison, et à la veille du 28 janvier 2011, alors que la révolution prend son envol, il est à nouveau emprisonné. Il ne sera relâché qu’après la chute de Moubarak.
